Việc xử phạt thực hiện theo quy định tại Nghị định 129/2013/NDD-CP ngày 16/10/2013 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và cướng chế thi hành quyết định hành chính về thuế.
Theo đó,Vidipha bị xử phạt số tiền cụ thể là gần 41,5 triệu đồng. Trong đó, Công ty bị phạt tiền đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế giá trị gia tăng phải nộp là hơn 7,4 triệu đồng, phạt tiền đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp là hơn 34 triệu đồng.
Ngoài ra, Cục thuế TP.Hồ Chí Minh cũng yêu cầu Vidipha thực hiện biện pháp khắc phục hậu quả, nộp tiền truy thu thuế 207,3 triệu đồng. Trong đó thuế là giá trị gia tăng gần 37,2 triệu đồng và thuế thu nhập doanh nghiệp là hơn 170,1 triệu đồng.
Một khoản nữa Vidipha bị yêu cầu nộp là tiền chậm nộp thuế với số tiền là gần 61,7 triệu đồng. Trong đó, tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng là gần 12,9 triệu đồng và tiền chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp là gần 48,8 triệu đồng.
Số tiền chậm nộp được tính đến ngày 20/4/2020, doanh nghiệp tự tính số tiền chậm nộp thuế kể từ ngày 21/4/2020 đến ngày nộp đủ tiền thuế truy thu và tiền phạt và ngân sách Nhà nước theo quy định.
Trong quyết định nêu trên, Cục thuế TP.Hồ Chí Minh cũng yêu cầu doanh nghiệp điều chỉnh số thuế giảm khấu trừ nêu là 58,5 triệu đồng vào hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế mới.