Mặc dù luật pháp liên quan đến quản lý thuế đối với lĩnh vực thương mại điện tử (TMĐT) đã được quy định khá đầy đủ, nhưng thực tế hoạt động của những mô hình kinh doanh mới đã phát sinh vướng mắc khi phần lớn các tổ chức, cá nhân kinh doanh TMĐT tại Việt Nam không đăng ký kinh doanh, khiến cơ quan quản lý gặp khó khi xác định chủ thể cũng như doanh thu hoạt động. Cùng với đó, pháp luật cũng chưa có quy định về trách nhiệm của các cơ quan liên quan trong việc phối hợp với cơ quan thuế quản lý giao dịch TMĐT nên hiệu quả còn thấp.